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bedtools 也是一个常驻我环境变量的软件了。 突然有一个需求，是统计任意深度的百分比，一时半会，没想到有什么现成的工具可以用，所以就用bedtools来统计了。 操作很简单，需要的输入文件是一个排过序的bam。 看一下统计原理: 可以看出，当加入参数-d -split的时候，可以得到比较好进行下一步统计的结果。 bedtools genomecov -ibam xxx.sorted.bam -g reference.fa -bga > results.txt 例如： 得到下面这样的结果 chr1 100 101 300 chr1 101 102 311 chr1 102 150 400 chr1 150 155 320 可以看出，当加入的参数是-bga...

最近做质控的时候，用了bedtools、samtools、gatk、alfred等软件来统计质量值，但是都没有bamdst的结果来的称心。 看名字应该是国人作品，谢谢这位大佬。 安装 直接走git clone途径或者下载下来解压。 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git cd bamdst make 使用 我是用来做目标区域的捕获统计。需要的是比对后的bam文件，以及目标区域的bed文件。 使用的方式是： bamdst -p region.bed -o ./output in.bam 需要注意的是，这个output文件夹需要自行创建，不然结果还是会直接输出在当前文件夹下。 最后能得到很多文件。我需要的是其中的regi...

samtools一直以来就是个对于生信很有用的软件，最近做转基因的项目，要疯狂的提取出各种类型的reads，使用samtools view的大F小f，用起来简直不能再爽快。 比方说，bwa比对完会有一些额外比对的reads，就差不多是一个reads除了pair的两条，还会出来第三条同样名字的reads，有时我们需要，有时多了会影响分析。这时用samtools除去 samtools view xxx.bam -F 2048 -bSh -o xxx.rm.bam 然后还有就是，我只想要能pair上的reads samtools view xxx.bam -F 2060 -bSh -o xxx.pair.bam 这里使用的flag值，在之前也提到过，灵活使用flag值，对bam文件...

最近是深入的了解了一下BAM/SAM文件。 众所周知，SAM文件是比对后的文件，格式约定俗成，是一些大佬规定出来的格式，而BAM文件是SAM文件的二进制形式，为的是节省空间。 又众所周知，目前最好用的处理BAM文件和SAM文件的软件是samtools。 然后，对于python来说，有一个比较好用的包是pysam，根出同源。但是，pysam貌似和windows不兼容。 对于我这种需要跨平台工作的人来说，又找到了一个包，bamnostic。 SAM，其实是一个tab分割的文件。 SAM文件可以直接用 less test.sam 或者 cat test.sam 来查看。但是对于BAM文件这种二进制的格式，就需要用到samtools。 一般的 samtools view t...

以前也写过一篇关于SRA的文章，但是SRA现在更新的连妈都不认得了。所以我也更新一下。 首先还是下载sra工具。 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.4/sratoolkit.2.9.4-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.9.4-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.9.4-ubuntu64/bin 然后在NCBI SRA中搜索需要的数据。 例如，我搜索transgene，随便挑了一个DNA的数据，像这个：SRX5097736。 然后，点击右上角的Send to，选择File，在下拉页选择Runinfo，点击Create file。这时会下载...

偷偷摸摸写成未来的日期，假装天天更新。 需要的软件： bowtie2 samtools bedtools 首先，是将序列比到宿主基因组上 # 建索引 bowtie2-build host.fna host # 比对 bowtie2 -x host \ -1 sample_1.fastq.gz \ -2 sample_2.fastq.gz \ -S sample.sam --threads 16 # 转成bam samtools view -bS sample.sam > sample.bam 然后，除掉比对上了的 samtools view -b -f 12 -F 256 sample.bam > sample.unmapped.bam # -f ...

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 曾几何时，我一度沉迷conda，因为用conda安装各种软件实在是太方便了。不过，后来是因为conda污染了我的环境，所以被我弃用。现在算是为conda正一下名，因为之前用的姿势不太对。 安装miniconda 做生信并不需要装anaconda，装miniconda就行了。 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 创建环境 这一步很重要！就是最关键的，把每个流程创建一个环境，这样不...

以前写的docker安装流程 WSL里装了docker，但是运行的时候会报 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. 解决办法： 运行 docker -H localhost:2375 images 可以把这句添加到环境中 export DOCKER_HOST=localhost:2375 but! 这个时候还是不能用的，是因为这还是在windows下，需要装windows的客户端。 对右下角图标右键点setting。...