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看着这个CPU使用率就觉得舒服了。 另外显卡都快被冻感冒了。

2020年的最后一天。 感觉2020年过得特别快，可能是因为疫情的原因，今年的假期相对比较长。在2月份开始复工复产后，还是每天进行着重复度高的工作。在3月4月时就开始有了辞职去玩的念头。但是又想到新冠猖獗，一直把心情收敛着。到了6月份，国内疫情状态相对平稳，旅游业重新开启。只有三个人的部门，其中耍的比较好的老哥先一步走了人，然后坐隔壁的博士也被走了人，另外坐对面的实验室姐姐也走了，综上所述，等于我们这四张桌子的“Block”突然就剩我一个。然后一直犹豫不决的我也在8月份溜了。 满打满算，在这家公司呆了二十个月，学到了很多。2020年想完成的各种分析流程的整理根本没动手，非常遗憾，因为业余时间都做其他事情了。 明年目前的规划是学习一下C++（落不落实另说），另外可以继续学习统计学。...

背景 KataGo是一款采取和AlphaGo Zero相同策略的围棋AI程序，号称平民狗。而Sabaki是一个围棋AI引擎的GUI，两者搭配，就相当于一个围棋AI的GUI软件。 准备工作 首先请先确定自己能用哪个版本的KataGo，是OpenCL还是CUDA还是Eigen，三个版本的对比在这里。下载自己需要的版本，然后再下载model文件。KataGo提供了2020年6月的训练结果，建议上说GPU越强，就用blocks数字越大的。最后去下载sabaki程序。 分别是以下三个。 katago-v1.7.0-gpu-opencl-windows-x64.zip g170-b40c256x2-s5095420928-d1229425124.bin.gz sabaki-v0.51.1-wi...

前言 最近换了一个wifi6路由器，但是电脑的微星B450i的网卡是wifi5的，为了更好的用尽性能，买了一个ax200网卡来准备更换（实际上我还是在用网线，其实换来主要是为了蓝牙5.1，连耳机应该延迟会低一点）。ax200天猫某店双十一59元，其实在其他店平时一般也就55元，但是为了质量，还是从天猫里面买。同时双十一从老马手上薅了五十多块钱红包，等于白给。 准备工作 其实换网卡是挺简单的，但是和别人不同的是我的主板是已经装好在机箱里了，为了拧下网卡的螺丝，必须从主板背面入手，也就必须把主板拆下来。还好我的机箱结构还是比较不错的，6面均可拆卸，没有别的itx小机箱的难受。另外想着拆都拆了，就顺便换了新的硅脂和清了一下灰尘。 上面是我现在的itx小机箱，显卡是时代的眼泪RTX 2...

总结 目前的电脑，在2019年5月升级过。电子产品更新换代实在太快，这个双十一我又想进行一波更新。主要的升级方向其实是外设，期望是无线化。 目前的配置 机箱：定制的ITX小机箱，电源上置，风道良好，可以装一个3.5一个2.5硬盘，支持长显卡 主板：微星B450 itx，小主板，在ITX主板中算是供电良好超频能力强的。这块板其实已经非常过时，但是暂时也没有升级到B550的想法。 CPU：AMD Ryzen 3700x，8核16线程的三代锐龙，3.6的默频可自动超到4.4。实际上5000系列的Zen3已经发布，但是这个也不在升级考虑范围。 散热：利民银箭130，真的很锋利，装的时候手被划了一个口 电源：海盗船SF600，全模组的电源确实能提高装机体验 内存：金士顿 掠食者 36...

ubuntu早就更新到20.04了，本着用新不用旧和时代在发展的想法，把我win10里的常用WSL从18.04换成20.04了。 虽然可能会出现很多莫名的兼容问题，但是先不管那么多。 基因组换成hg38，不再用hg19啦。 所有常用软件进行一次大更新，包括bwa之类的，有新用新。

现有一个bam文件，需要统计一个位点的碱基比例。 在查询相关资料时，有人是用bam-readcount这个软件做的。使用现成的软件当然好，但是我们的需求是要帮他人升级这个功能，所以还是使用现有的软件而不是引入新软件比较好，因此这里使用samtools，基本上大家都会有。 使用samtools的mpileup功能。比方说我要chr1:1111111这个位点，那么我就只输出这个位置的pileup格式文件就好了。 samtools mpileup -f ref.fa -r chr1:1111111-1111111 in.bam > out.pileup 然后结果格式是这样的 chr1 1111111 A 11 ,,,..T,.... BHI...

HLA-HD是一个基于NGS数据的HLA分型软件。除了对常规的HLA-A、-B、-C进行分型后，还可以对-G、-E这些基因进行分型。 可以到官网中留下邮件信息，申请下载。 在下载页面，会有软件的安装与其他介绍，在下载后，首先要确保自身环境变量中有bowtie2，因为软件是使用bowtie2进行比对的。 安装较为简单，下载解压后，进入到软件目录中 sh install.sh 安装后，需要将bin文件夹目录加入到环境变量中。 接下来需要更新数据库，软件自带的数据库是3.15.0，但目前HLA数据库已更新到3.41.0。差异较大。 软件提供了一个更新的方法。 sh update.dictionary.sh 但因为国内网络原因，下载需要的hla.dat文件时，速度较慢。这时可...